Восставшие против людей машины находят последний город людей Зион. Через 3 суток этот город будет полностью уничтожен. Единственное, что может спасти человечество, это таинственная фигура Ключник, место нахождения которой не известно. Эта фигура охраняется двумя братьями-близнецами Нилом и Эдрианом, которые могут неожиданно исчезать и вновь появляться, владеющие смертоносными самораскрывающимися ножами. Нео вместе с Морфеусом и Тринити поддерживают людей в их борьбе со страшными машинами. И только Нео имеет возможность прекратить войну, но для этого ему надо найти секретную комнату Матрицы, где содержатся серверы. А Ключник может помочь в этом. Троица защитников людей от нашествия умных машин должна пойти на смертельный риск.